Saccharomyces Genome Database

Biocurator inkluderar granskning av den publicerade litteraturen eller datamängder, vilket leder till identifiering och abstraktion av viktiga resultat. Resultatet införlivas sedan i databasen och använder kontrollerade vokabulärer för att associeras med lämpliga gener eller kromosomala regioner. När mer data registreras blir biokuration viktigare för biomedicinsk forskning.

SGD behåll referensgenomsekvensen för den spirande jästen S. cerevisiae. SGD är källan till genomsekvensen för S. cerevisiae s288c stam Bakgrund, innehåller katalog över gener och kromosomala inslag i genomet.

en viktig funktion av SGD är biokuration av jästlitteraturen. SGD biokuratorer söka all vetenskaplig litteratur som är relevant för S. cerevisiae, läsa tidningarna och fånga deras stora fynd i olika definierade områden i databasen.

biokuratorerna vid SGD syftar till att kommentera varje gen genom att identifiera funktion(er) från primärlitteraturen och länka till termer med hjälp av den strukturerade kunskapsrepresentationen i gen ontologin. Dessutom ingår funktioner som identifieras från experiment med hög genomströmning samt beräkningsmässigt förutsagda funktionsanteckningar från Go Annotation project.

biokemiska vägar kurateras manuellt av SGD och tillhandahålls med hjälp av pathway Tools browser version 15.0 (13). SGD biochemical pathways data set för S. cerevisiae, en av de mest kurerade datamängderna bland alla tillgängliga datamängder för Pathway Tools, är guldstandarden för spirande jäst; SGD stöder ett pågående försök att uppdatera och förbättra dessa data. Pathway Tools-gränssnittet ger en fullständig beskrivning av varje väg, med molekylära strukturer, EC-nummer och fullständig referenslista. Den uppdaterade pathways-webbläsaren ger flera förbättrade funktioner, inklusive nedladdning av en lista över gener som finns i en väg för vidare analys med andra verktyg tillgängliga på SGD. Pathway browser hyperlänkas via avsnittet ’Pathways’ på sidan Locus Summary. Pathway-displayen är tillgänglig från http://pathway.yeastgenome.org.

Lämna ett svar

Din e-postadress kommer inte publiceras.