Ashkenazi Jewish mtDNA haplogroup distribution waha się among distinct subpopulations: lessons of population substructure in a closed group

Ashkenazi Jews, considered to be an isolated population that has subverse a recent bottleneck,1, 2, 3, 4 constate a model population for the search of disease-causing mutations and disease-podatność geny. Jednym z najczęściej używanych argumentów za wyborem Żydów aszkenazyjskich do takich badań jest brak podbudowy populacji.5 niemniej jednak zróżnicowany rozkład mutacji powodujących choroby wśród Żydów aszkenazyjskich o pochodzeniu wschodnioeuropejskim i Środkowoeuropejskim sugeruje dryf genetyczny, a tym samym może sugerować możliwe substruktury populacji wśród Żydów aszkenazyjskich.6 ta uwaga jest szczególnie istotna w przypadku badań skojarzenia z podejściem common disease variant, ponieważ częstość występowania wariantu związanego z chorobą może się różnić w populacjach ze względu na dryf genetyczny.4 rzeczywiście, podczas badania skojarzeniowego na cukrzycy typu II i jej powikłań ostatnio przeprowadzonego przez naszą grupę, znaleźliśmy znaczącą różnicę w dystrybucji połączonych zestawów mitochondrialnego DNA (mtDNA) wspólnych wariantów (haplogrupy) u Żydów aszkenazyjskich o różnym pochodzeniu geograficznym (Feder et al., 2007, przedłożone). Ta obserwacja, wraz z częstym wykorzystaniem mtDNA jako celu badań stowarzyszeniowych, doprowadziła nas do oceny, używając mtDNA, podrostruktury populacji w macierzyńskim rodowodzie Żydów aszkenazyjskich.

kohorta 300 zdrowych niepowiązanych podmiotów aszkenazyjskiego pochodzenia żydowskiego, który poprzednio służył jako podmioty kontrolne w badaniach Stowarzyszenia na Uniwersytecie Hebrajskim, analizowano w sposób hierarchiczny dla haplogrup mtDNA, począwszy od haplogrup K I H, zgłaszane jako najbardziej rozpowszechnione w aszkenazyjskich Żydów, następnie przez mniej rozpowszechnione typy.1, 7 wobec zwiekszyc ten próbka rozmiar, my dodalismy do analizy poprzednio opublikowane dane dla mtDNA haplogroup dystrybucja w 565 niepowiązanych temat z Aszkenazyjski Żydowski pochodzenie.7 spośród tych 865 badanych, 704 było ze znanym matczynym pochodzeniem geograficznym. Klasyfikacja tych osobników według matczynego pochodzenia geograficznego dawała trzy subpopulacje, które uznano za wystarczająco duże do dalszej analizy: pochodzące z Rosji i Ukrainy (połączone w jedną grupę ze względu na bliskość geograficzną, „RU”), pochodzące z Polski i rumuńskie. W wyniku tego podziału na subpopulacje w badaniu wzięło udział łącznie 446 osób (Tabela 1). Aby uniknac porownania haplogroups dla których próbka rozmiary byl Maly, my pogrupowany niektóre haplogroups razem wedlug phylogenetic considerations, który jest, N1 z I, I W Z X. Haplogroups m i Pre-HV (as well as haplogroup L in Table 2) byl brany pod uwage razem z 'inni’ (Table 1). Użyliśmy testu R × C niezależności, aby porównać rozmieszczenie haplogrup pomiędzy trzema różnymi społecznościami żydowskimi.8 aby ustalić, która z haplogrup wniosła największy wkład w ogólną heterogeniczność, przeprowadziliśmy nieplanowany test.8 analizy statystyczne przeprowadzono przy użyciu systemu Systat 9.0 (Systat Software, Inc., CA, USA), a wyniki uznano za istotne statystycznie, jeśli α<0,05.

Tabela 1 Rozmieszczenie Haplogrup w Żydach aszkenazyjskich (Aszj) według pochodzenia geograficznego matki
Tabela 2 haplogroup dystrybucja w non-Jewish local populations and Jews

comparison of overall haplogroup distribution (R × C test of independence) revealed significant differences among the three Jewish populations (RU, Poland and Romania, p=0.017). Using nieplanowany test, my odkryliśmy że haplogroups K I H robić the największy wkład obserwowany ogólny heterogeniczność (Table 1). Odpowiednio, ścisły badanie the dane (Table 1) ujawniać że The częstotliwość haplogroup K w the RU próbka być znacząco niższy niż w The drugi populacja; podobnie, the częstotliwość haplogroup H być niższy w the Polski Grupa. Ponieważ ludność żydowska Aszkenazyjska powstała około 1000 lat temu, spekulujemy, że różnice te mogły być spowodowane raczej dryfem genetycznym niż przypadkowymi procesami, takimi jak dobór naturalny.

alternatywnie, nasze ustalenia mogą sugerować różny stopień domieszki Żydów z nieżydowskimi populacjami w wyżej wymienionych społecznościach. Thomas et al.9 porównał zmienność mtDNA Żydów z lokalnymi Nie-żydowskimi populacjami w wielu lokalizacjach geograficznych na całym świecie i nie znalazł poparcia dla takiego wyjaśnienia. Badacze ci uznali jednak Żydów aszkenazyjskich za jedną całość, zakładając, że wszystkie aszkenazyjskie społeczności z Europy Środkowej i Wschodniej pochodziły wyłącznie z dorzecza Renu i w ten sposób porównywali aszkenazyjską różnorodność mtDNA tylko z różnorodnością nieżydowskich Niemców. Aby przetestowaÄ ‡ moĹźliwoĹ „Ä ‡ domieszki pomiÄ ™ dzy wspólnotami Aszkenazyjskimi a miejscowymi ludnoĺ” ciami nie-Ĺźydowskimi, uĺźyliĺ „my log-linearnego modelu8 w celu porăłwnania mtDNA haplogrupy rozdziaĹ’ u Jewish RU i polskich grup do dostÄ ™ pnych danych na temat rozdziaĹ 'u haplogrupy nie-Ĺźydowskich RU i polskich ludnoĺ” ci, odpowiednio 10 (Tabela 2). Analiza ta ujawnila znaczaca rozbieżnosc w calkowitym rozmieszczeniu haplogrupy miedzy Aszkenazyjskimi i miejscowymi ludnosciami (etniczne tło × haplogrupa interaction term, G=173, df=8, p<0.001). Nieznaczące trójdrożne określenie interakcji (G = 7,7, df = 8, P = 0,463) odzwierciedla, że różnice między Żydami i nie-Żydami były spójne zarówno w populacji RU, jak i Polskiej. Te odkrycia, wzięte razem z sekwencjami HVR1 dla niektórych haplogrup, takich jak N1b, które zawierają motywy ograniczone i wspólne dla wszystkich aszkenazyjskich populacji żydowskich,1 mogą dodatkowo wspierać interpretację małego lub żadnego przepływu genów lokalnych społeczności nieżydowskich w Polsce i Rosji do społeczności żydowskich w tych krajach. Wniosek ten może również sugerować wydarzenia założycielskie, które doprowadziły do osadnictwa żydowskiego w Polsce i Rosji, zgodnie z poglądem, że pochodzenie ludności żydowskiej Aszkenazyjskiej jest wynikiem co najmniej czterech różnych wydarzeń założycielskich.1 wyraźnie różnice między Żydami a nie-Żydami (Tabela 2) są znacznie większe niż te obserwowane wśród społeczności żydowskich (Tabela 1). Stąd różnice między społecznościami żydowskimi można przeoczyć, gdy nie-Żydzi są uwzględniani w porównaniach.

nasza obserwacja, ¿e haplogrupa K jest jednym z g3ównych wspó3pracowników rozdzia3u haplogrupy mtDNA u ydów aszkenazyjskich jest szczególna. Haplogrupa K wczesniej kojarzyl z ochrona przed Parkinson choroba w Americans europejscy rodowód.11 dlatego, ponieważ Żydzi aszkenazyjscy są również pochodzenia europejskiego i ponieważ ta haplogrupa może kojarzyć się z chorobą Parkinsona lub innymi złożonymi zaburzeniami u Żydów aszkenazyjskich, podkreślamy, że pochodzenie geograficzne powinno być brane pod uwagę podczas projektowania badań asocjacyjnych, jak stwierdzono w przypadku pozornie jednorodnej populacji Islandii.12

warto zauważyć, że haplogrupy K I H można dalej podzielić na podgrupy, z których tylko kilka występuje u Żydów aszkenazyjskich;1 takie podgrupy mogą dodatkowo przyczyniać się do obserwowanych przez nas różnic w populacji, dlatego ich rozmieszczenie powinno być badane w populacjach aszkenazyjskich o różnym pochodzeniu geograficznym.

podsumowując, chociaż Żydzi aszkenazyjscy mogą być postrzegani jako zdefiniowana grupa etniczna, przy projektowaniu badań stowarzyszenia należy wziąć pod uwagę podbudowę populacji, tzn. pacjentów i kontrole aszkenazyjskiego pochodzenia żydowskiego powinny być również dopasowane do pochodzenia geograficznego.

Dodaj komentarz

Twój adres e-mail nie zostanie opublikowany.