Saccharomyces Genome Database

Biocurator inkluderer gjennomgang av publisert litteratur eller sett med data, som fører til identifisering og abstraksjon av viktige resultater. Resultatet deretter innlemmet i databasen og bruke kontrollerte vokabular til assosiert med passende gener eller kromosomale regioner. Etter hvert som flere data blir registrert, blir biokurasjon viktigere for biomedisinsk forskning.

sgd holde referanse genom sekvens For spirende gjær S. cerevisiae. SGD er kilden til genomsekvensen For S. cerevisiae S288C stamme bakgrunn, inkluderer katalog av gener og kromosomale trekk ved genomet.

En viktig funksjon AV SGD er biocuration av gjær litteratur. SGD biokuratorer søker i all den vitenskapelige litteraturen som er relevant For s. cerevisiae, leser papirene og fanger deres hovedfunn i ulike definerte felt i databasen.

biokuratorene ved SGD tar sikte på å annotere hvert gen ved å identifisere funksjon(er) fra primærlitteratur og koble til termer ved hjelp av strukturert kunnskapsrepresentasjon i gen-ontologien. I tillegg er funksjoner identifisert fra høy gjennomstrømning eksperimenter samt beregningsmessig spådd funksjon merknader inkludert FRA GO Annotation project.Biokjemiske pathways er manuelt kuratert av SGD og gitt ved Hjelp Av Pathway Tools nettleser versjon 15.0 (13). SGD biochemical pathways datasett For s. cerevisiae, et av de mest kuraterte datasettene blant alle Pathway Tools datasett tilgjengelig, er gullstandarden for spirende gjær; SGD støtter en kontinuerlig innsats for å oppdatere og forbedre disse dataene. Pathway Tools-grensesnittet gir en fullstendig beskrivelse av hver vei, med molekylære strukturer, Ec-tall og full referanseliste. Den oppdaterte pathways browser gir flere forbedrede funksjoner, inkludert nedlasting av en liste over gener funnet i en vei for videre analyse med andre verktøy tilgjengelig på SGD. Pathway-nettleseren er hyperkoblet via ‘Pathways’ – delen av Locus-Sammendragssiden. Banevisningen er tilgjengelig fra http://pathway.yeastgenome.org.

Legg igjen en kommentar

Din e-postadresse vil ikke bli publisert.