Saccharomyces Genome Database

Biocurator include la revisione della letteratura pubblicata o insiemi di dati, che porta all’identificazione e all’astrazione dei risultati chiave. Il risultato poi incorporato nel database e utilizzare vocabolari controllati ad associati con geni appropriati o regioni cromosomiche. Man mano che vengono registrati più dati, la biocurazione sta diventando sempre più importante per la ricerca biomedica.

SGD mantenere la sequenza del genoma di riferimento per il lievito in erba S. cerevisiae. SGD sono la fonte della sequenza del genoma per S. cerevisiae S288C strain background, include catalogo dei geni e caratteristica cromosomica del genoma.

Una delle funzioni importanti di SGD è biocuration della letteratura del lievito. SGD biocurators cerca tutta la letteratura scientifica pertinente a S. cerevisiae, legge i documenti e cattura i loro principali risultati in vari campi definiti del database.

I biocuratori di SGD mirano ad annotare ogni gene identificando le funzioni dalla letteratura primaria e collegandosi a termini utilizzando la rappresentazione della conoscenza strutturata nell’ontologia genica. Inoltre, le funzioni identificate da esperimenti ad alto throughput e le annotazioni di funzioni previste dal calcolo sono incluse nel progetto GO Annotation.

I percorsi biochimici sono curati manualmente da SGD e forniti utilizzando il browser Pathway Tools versione 15.0 (13). Il set di dati dei percorsi biochimici SGD per S. cerevisiae, uno dei set di dati più curati tra tutti i set di dati degli strumenti di percorso disponibili, è il gold standard per il lievito in erba; SGD supporta uno sforzo continuo per aggiornare e migliorare questi dati. L’interfaccia Pathway Tools fornisce una descrizione completa di ogni percorso, con strutture molecolari, numeri E. C. e elenco completo di riferimento. Il browser pathways aggiornato fornisce diverse funzionalità avanzate, tra cui il download di un elenco di geni trovati in un percorso per ulteriori analisi con altri strumenti disponibili presso SGD. Il browser pathway è collegato con un collegamento ipertestuale tramite la sezione “Percorsi” della pagina di riepilogo del Locus. Il display del percorso è disponibile da http://pathway.yeastgenome.org.

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