La base de données sur le génome de Saccharomyces

Biocurator comprend une revue de la littérature publiée ou des ensembles de données, conduisant à l’identification et à l’abstraction des résultats clés. Le résultat est ensuite incorporé dans la base de données et utilise des vocabulaires contrôlés associés à des gènes ou à des régions chromosomiques appropriées. À mesure que de plus en plus de données sont enregistrées, la biocuration devient de plus en plus importante pour la recherche biomédicale.

SGD conserve la séquence génomique de référence de la levure en herbe S.cerevisiae. Les DGS sont la source de la séquence génomique de S. contexte de la souche cerevisiae S288C, comprend un catalogue de gènes et de caractéristiques chromosomiques du génome.

Une des fonctions importantes de la SGD est la biocuration de la littérature sur les levures. Les biocurateurs SGD recherchent toute la littérature scientifique pertinente pour S. cerevisiae, lisent les articles et capturent leurs principales découvertes dans divers domaines définis de la base de données.

Les biocurateurs de SGD visent à annoter chaque gène en identifiant la ou les fonctions de la littérature primaire et en les reliant à des termes en utilisant la représentation structurée des connaissances dans l’ontologie des gènes. De plus, les fonctions identifiées à partir d’expériences à haut débit ainsi que les annotations de fonctions prédites par calcul sont incluses dans le projet d’annotation GO.

Les voies biochimiques sont organisées manuellement par SGD et fournies à l’aide de la version 15.0(13) du navigateur Pathway Tools. L’ensemble de données sur les voies biochimiques de SGD pour S. cerevisiae, l’un des ensembles de données les plus soigneusement sélectionnés parmi tous les ensembles de données d’outils de voie disponibles, est la norme de référence pour la levure en herbe; SGD soutient un effort continu pour mettre à jour et améliorer ces données. L’interface des outils Pathway fournit une description complète de chaque voie, avec des structures moléculaires, des numéros E.C. et une liste complète des références. Le navigateur pathways mis à jour fournit plusieurs fonctionnalités améliorées, y compris le téléchargement d’une liste de gènes trouvés dans un pathway pour une analyse plus approfondie avec d’autres outils disponibles sur SGD. Le navigateur de voies est relié par un hyperlien via la section « Voies » de la page de résumé des Locus. L’affichage de la voie est disponible auprès de http://pathway.yeastgenome.org.

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