Saccharomyces genom Database

Biocurator omfatter gennemgang af den offentliggjorte litteratur eller datasæt, hvilket fører til identifikation og abstraktion af nøgleresultater. Resultatet inkorporeres derefter i databasen og bruger kontrollerede ordforråd til associeret med passende gener eller kromosomale regioner. Efterhånden som flere data registreres, biokuration bliver vigtigere for biomedicinsk forskning.

SGD hold referencegenomsekvens for den spirende gær S. cerevisiae. SGD er kilden til genomsekvensen for S. cerevisiae s288c stamme baggrund, omfatter katalog over gener og kromosomale træk ved genom.

en af vigtige funktioner i SGD er biokuration af gærlitteraturen. SGD-biokuratorer søger i al den videnskabelige litteratur, der er relevant for S. cerevisiae, læse papirerne og fange deres største fund i forskellige definerede felter i databasen.

biokuratorerne ved SGD sigter mod at kommentere hvert gen ved at identificere funktion(er) fra primær litteratur og linke til udtryk ved hjælp af den strukturerede vidensrepræsentation i genet ontologi. Derudover er funktioner identificeret fra eksperimenter med høj kapacitet såvel som beregningsmæssigt forudsagte funktionsanmærkninger inkluderet fra GO Annotation project.

biokemiske veje kurateres manuelt af SGD og leveres ved hjælp af Vejværktøjerne version 15.0 (13). SGD biokemiske veje datasæt for S. cerevisiae, et af de mest kuraterede datasæt blandt alle tilgængelige datasæt til Vejværktøjer, er guldstandarden for spirende gær; SGD understøtter en løbende indsats for at opdatere og forbedre disse data. Vejværktøjsgrænsefladen giver en komplet beskrivelse af hver vej med molekylære strukturer, E. C.-numre og fuld referenceliste. Den opdaterede sti-bro. ser giver flere forbedrede funktioner, herunder overførsel af en liste over gener, der findes i en sti til yderligere analyse med andre værktøjer, der er tilgængelige på SGD. Der er et hyperlink i afsnittet ‘stier’ på Locus-oversigtssiden. Vejdisplayet er tilgængeligt fra http://pathway.yeastgenome.org.

Skriv et svar

Din e-mailadresse vil ikke blive publiceret.